2.从中央到地方都有行政机构设置还不够合理之处， 主要是与基本行政职能和运行性行政职能的划分、设定和配置不够科学、得体直接相关（1）经济职能和行政运作权能切得较细甚至较乱，没能科学、正确、合理地梳理和处理事务性质天然交叉复杂的基本职能问题， 更未经过仔细的科学研究来考虑和处理具体的运行性行政职能相互链接以及与经济职能落实相匹配的问题。所以，即使是同管一个市场的行政主体，也就变得多种多样，商务、工商、质检、卫生、价格、公安、城管等等一齐出现，对市场似乎各有管理，而实际则是分散管理、多头管理、重复管理、矛盾管理乃至胡乱管理，终归是无效管理和无管理。所以，各种甲醇酒、注水肉、病猪肉、红心蛋、孔雀绿鱼、有毒食品、有毒玩具等等假冒伪劣商品长期不绝，搞坏了政府的公信力和我国在国际上的经济形象。此类政出多门、重复设置、高耗低效的机构问题还很多，无需在此一一列举。
（2）政治职能和社会职能与运行性行政职能的划分、切割、设定和搭配也还存在不足，导致行政主体设置也出现不少混乱。这里最典型的情况是警察的设置：特警、刑警、交警、巡警、片警、督警、法警、海警、海关警、边防警、消防警、户籍警、机关警、网络警、森林警、铁路警等等，此外再加上一个准警察———城管。在加强社会治理方面有这么多主体，常常造成乱象丛生。城管原本在很大程度上属于警察管理的范围，结果单设城管，而城管在很多情况下又管不了很多实质性的城市社会问题， 常常又得寻求警察助力。而庞大的警察体系中，既存在重大内耗问题，如山西某市的刑警就敢于暴力冲击交警，也存在与外部严重矛盾的问题，如交警总是胡乱罚款、破坏警察形象和政府形象，甚至与交通行政职能部门发生严重冲突， 如湖南发生过高速公路管理主体对交警大打出手、造成严重流血事件如此等等。
由此产生的直接问题是：把警察分得这么细，其科学性、协调性、有效性、必要性和运作成本的实际情况到底怎样？ 治安执法、交通执法、维护国家安全稳定执法、乃至城管等等执法是否集中统一比分散进行要更节约、顺畅、高效？ 为此最多只设两个警种也许最佳？
（3）在其他职能领域的主体设置上，也存在类似警察体系那样不集中、甚至很零碎、实则有失统一高效的划分切割、随意由利而定的问题。譬如，航空、铁路、水路、海路、陆路等交通运输在行政职能的性质上是一样的；文化、文物、广电、新闻出版、知识产权、网络媒体、城市风貌、历史档案、国家遗产与世界遗产等等在行政职能上相同、相近或相交叉；农业、林业、水利、生态环保、水陆动植物养殖和保护以及进出口等在事务上高度交叉、重合；乡镇企业、农村工业化和城镇化、住房与城市化、人口增长与流动、户籍、城乡福利、创业与就业等等在行政职能上是内在高度相关至密不可分；如此等等。然而，在实践中这些事务却都分得太细，切割太碎，非常分散，很不集中，并由此分设了大量行政机构。这就为不同行政主体在同一或相近领域运作产生争执、矛盾、纠纷、内耗和低效提供了不竭源泉。
还有，应急管理、城市应急联动、110 和120 等的应急管理与应急服务、地质地震防灾救灾、洪涝防灾救灾、海洋防灾救灾、气象防灾救灾、粮食与食品安全、卫生安全、生产安全、金融安全、经济安全、信息安全、社会矛盾、宗教冲突与危机、群体纠纷与冲突、组织纠纷与冲突、黄毒赌淫、腐败堕落、违法犯罪、敌对势力防范、分裂势力防范、恐怖势力防范、国土安全、国家战略安全等等，均同属一个范畴，具有极其高度的内在相关性和相通性，但也遭到同样过分细致的分开、切割，多数分属于不同的行政机关， 个别的则由于属于非传统安全问题而在行政主体上存在模糊归属或者空白归属的状态。这里的实质是我们在危机管理机构上严重缺乏必要的、集中统一、高效专责的行政机关。
这些问题在形式上都是行政结构问题， 其实都是行政职能胡乱切割配置的深层次老问题，一直都在最严重地阻碍行政管理科学化、规范化和高效化， 一直都在深深地困扰和羁绊着整个现代化事业。
3.行政机构内部设置还存在机构重复、职责不清、人浮于事、程序繁冗等情况。
这是一级政府所属部门内部的横向内设组织和纵向微观层级，是微观纵横复合行政结构。这里存在不少还需要大力科学化、精细化、规范化的基本问题，其中，最突出的问题就是岗位设置和人员配备与具体任务之间的科学协调问题、以全面科学的政府绩效管理和政府信息化来梳理并重塑微观结构与关系的问题，导致机构重复、职责不清、人浮于事、程序繁冗等等问题。
总之，政府结构不合理，包括政府层级过多，组织设计不合理，组成设定分工过多，部门设置分工过细， 承担和履行职能常常交叉重叠、多门多头、冲突混乱，消耗大，成本高，效率低，效益差，影响我国发展的整体过程和整体绩效。
三、政府行为层面的突出问题及相关分析。
政府行为亦即行政行为， 是政府和行政人员依法依规履行基本职能和运行性行政职能、对行政相对人乃至整个行政客体施加影响的具体行动。在内容实质上，它包括行政管理和行政服务两大部分；在操作形式上，它包括抽象行政行为和具体行政行为两大部分。目前，我国在这一层面还存在的突出问题主要有如下几方面：
（一）重管理，轻服务，常难落实“为人民服务”
宗旨和“以人为本”的科学发展观。
1.没有摆正主人与公仆位置，更未奉行“一切权力来自于人民”的宪法精神。
不少行政机构和行政人员在潜意识里就认定：行政相对人是可以随意对待、不需在乎和尊重的对象，对他们只需要管理、再管理；在自己不满意、不高兴时还可以横眉冷脸、恶劣态度、拖沓推委、糊弄折腾、甚至半暴力性地相对相待，所谓“门难进、脸难看、事难办”就是这样发生的。而在稍微有点纠纷、紧张或者自身道理不足时，这些行政主体就骂他们是刁民、好讼之徒、民风凶悍、民心顽劣等等，而随意动用警力，乃至随意开动公检法等整台国家机器，对他们实施强硬回应、强制管理和“果断”治理。这就把官民完全对立起来了，常常发展成民众与政府的对立、对峙、对骂、对贬和对抗。
2.不择方式和手段，寻租牟利，公开与民争利，不惜违法乱纪。
